跑步對頸部、肩部、脊椎、血液循環、肝臟、腸胃及骨骼皆具益處。
1、眼睛
持續長跑者每日約有一小時凝視遠方的時間，能為眼睛帶來舒緩放鬆效果。若家中有學齡兒童，讓其養成每日跑步習慣，可顯著降低近視發生率。
實驗證實跑步可能對特定眼疾具治療效果。研究將實驗鼠單眼遮蔽後分為兩組：一組強制於跑步輪連續奔跑數小時以全面刺激視覺皮層神經元，另一組維持靜止狀態。經過一段時間後，第一組視力完全恢復至遮蓋前的狀態，而第二組視力恢復緩慢且不完全。
2、頸部・肩部・脊椎
經常使用電腦工作的人，或多或少都會出現頸椎或肩部問題。正確的跑步姿勢要求背部挺直且放鬆，持續練習可大幅改善頸椎與肩部的不適感。
3、心臟
持續跑步能鍛鍊強健的心臟與心血管系統。在提升最大攝氧量的同時，全身器官供氧量大幅增加，自然提升各器官運作效率。中長距離跑步更能促進血液循環，透過冠狀動脈為心肌輸送充足血液，預防各類心臟疾病。下肢運動有助靜脈血回流心臟，亦能預防靜脈血栓形成。
4、血液
具備強健心血管系統的跑者，其血液品質優於常人。長期跑步引發的生理適應變化可促進新陳代謝，降低血脂與膽固醇數值。
5、肺部與呼吸系統
長期中長距離跑步能強化肺功能並增加肺活量——規律長跑可發展肺部呼吸肌群，提升單次換氣量，進而增強肺部效能。個人每年秋季皆受季節性鼻炎所苦，今年開始跑步後竟未再復發。兩者是否存在關聯？
跑步可使肺容量從平均5.8公升提升至6.2公升，同時大幅增加血液攜氧能力。
6、肝臟
對脂肪肝患者而言，最佳良藥正是「跑步」。最新研究證實，跑步等有氧運動能延緩糖尿病前期肥胖患者的非酒精性脂肪肝（NAFLD）惡化。
研究人員讓15名非酒精性脂肪肝肥胖患者每日在跑步機上運動1小時，並將運動心率提升至最大心率的85%。持續7天後，患者胰島素敏感性提升，肝臟多價不飽和脂肪酸指數（PUI）上升84%。研究者豪斯博士解釋，這些改善與荷爾蒙「瘦素」增加有關。瘦素能增強胰島素反應，並透過抗炎作用降低心臟病風險。此外，跑步等有氧運動有助燃燒脂肪，可減輕脂肪肝風險。
7、腹部
平坦腹部與六塊肌是眾人嚮往的身材。雖然健身教練的指導及網路熱門的「腹肌撕裂訓練」有助強化腹肌，但要消除覆蓋腹肌的厚脂肪層，仍需結合跑步等有氧運動。當然，持續性是關鍵。腹部脂肪最為狡猾，稍有鬆懈便會迅速復原。
研究顯示，以穩定步調慢跑30分鐘可消耗390大卡以上熱量。同時間騎單車或打網球僅能分別消耗277大卡與272大卡。換言之，選擇適當運動能更快達成理想體態。
8、腰臀線條
跑步帶來的體態變化最先顯現於此部位。許多跑者都有此經驗：持續跑步一段時間後，體重雖未明顯下降，但體態卻明顯改善，尤其腰線會變得更加優美。
跑步勝過其他運動之處在於：除了一般運動對肌肉關節的鍛鍊效果外，運動後身體還能維持長達四小時的高代謝狀態，藉此燃燒更多卡路里。
9、膝蓋
俗諺「跑步百利而一害，唯傷膝蓋」確有其理。持續跑步者多多少少都曾受膝痛困擾。但透過與跑齡逾十年的跑者交流發現，他們初始同樣面臨此問題，甚至有人快走時膝蓋便會疼痛。然而透過逐步累積慢跑量並配合肌力訓練，膝蓋逐漸變得強健。
若排除年齡因素影響，眾多長期研究顯示跑步愛好者罹患膝關節炎的風險反而較低。
十、腿部肌肉
經常跑步者的肌肉組織也會產生變化，經過一段時間訓練後，會發現腿部肌肉變得極為緊實，呈現緊緻的外觀。跑步能強化心血管與呼吸系統功能，促進肌肉神經健康，提升身體抗病能力。冬季氣溫偏低時，持續性短程慢跑可刺激身體保護反應，促進血液循環加速腦部供血，調節腦部體溫調節中樞功能。