臨床研究顯示，男性不孕成因多元。無論精子生成、成熟、輸送或射精功能任一環節出現異常，皆可能導致男性不孕。男性不孕症本身往往是多種疾病、生活環境及生活品質等因素複合作用的結果。因此除重視診斷治療外，預防措施亦至關重要，一般需從以下面向著手：
預防日常生活中有害物質的影響
研究資料顯示，過去三十年間全球男性精子數量減少30%至55%，人類精子減少現象正持續惡化。人類生命繁衍正面臨嚴峻威脅，大量化學毒物、化學肥料、除草劑、殺蟲劑及有毒塑膠製品等已造成嚴重環境污染，空氣、水源與食物污染正廣泛影響全體人類。這些污染物不僅影響男性泌尿生殖系統，導致精子數量減少，更使精子品質持續惡化。毒素對人體的危害自胎兒期便透過母體開始，出生後更經母乳持續造成危害。人類在此領域的防禦行動應具全球視野，成為全社會共同面對的課題。
必須認知到環境污染的影響並非數年之功，而是數十年甚至更長期的累積效應。另一方面，我們每個人都應提高自我防護意識，加強職業防護與環境保護，養成健康積極的生活習慣，保持規律作息、確保充足睡眠、戒除不良習慣、減少飲酒吸菸與濃茶攝取、保持睾丸清潔、避免穿著緊身褲、調節個人心理狀態，並維持生活平衡。
男性泌尿生殖系統感染預防
男性不孕症成因多元，包含先天發育異常、細胞遺傳學染色體異常、下丘腦-腦垂體-性腺功能障礙、內分泌功能失調、性功能障礙、生殖器感染，乃至心理因素等。然根據現行臨床數據，生殖器感染實為最常見致因之一。因此預防泌尿生殖系統感染至關重要。應倡導健全性生活、推廣保險套使用，並盡可能避免婚外性行為。若發現性傳染病，夫妻雙方須接受迅速、徹底且有效的治療。
免疫性不孕之預防
免疫因子是導致不孕的成因之一，預防需提升自我防護意識。具體而言，男性需保護睾丸免受損傷，預防泌尿道感染，尤其須防範感染向上蔓延至前列腺、附睾及睾丸，破壞生殖系統局部免疫屏障並引發局部免疫反應。兒童時期應接種流行性腮腺炎疫苗，若出現發熱、前列腺炎或睾丸炎症狀，須立即接受有效治療。