1. Przed formalnym wykonaniem amniopunkcji lekarz przeprowadza badanie ultrasonograficzne w celu określenia wielkości płodu, wieku ciążowego, położenia płodu i liczby płodów;
2. Pod kontrolą ultrasonografii określa się optymalne miejsce wkłucia;
3. Skóra matki jest dezynfekowana;
4. Na brzuch matki nakłada się sterylną serwetę;
5. Pod kontrolą USG stopniowo wprowadza się igłę rdzeniową o rozmiarze 20 lub 22 do wcześniej wybranej jamy owodniowej;
6. Po potwierdzeniu, że igła znajduje się w jamie owodniowej, za pomocą podciśnienia pobiera się płyn owodniowy;
7. Pierwsze 2 mililitry płynu należy wyrzucić (aby zapobiec zanieczyszczeniu komórkami matki);
8. Pobiera się około 20 mililitrów płynu owodniowego;
9. Wymienia się wewnętrzną kaniulę igły;
10. Wyciąga się całą igłę;
11. Na miejsce nakłucia na brzuchu przyszłej matki nakłada się opatrunek. Powinna ona odpocząć przez 10 minut poza salą amniopunkcji. Jeśli nie odczuwa dyskomfortu, może wrócić do domu i czekać na wyniki.