1. A hivatalos amniocentézis előtt az orvos ultrahangvizsgálatot végez, hogy meghatározza a magzat méretét, a terhességi kort, a magzat helyzetét és a magzatok számát;
2. Ultrahangos irányítás mellett meghatározzák az optimális bevezetési helyet;
3. Az anya bőrét fertőtlenítik;
4. Steril lepedőt helyeznek az anya hasára;
5. Ultrahangos irányítás mellett egy 20-as vagy 22-es méretű spinális tűt fokozatosan bevezetnek az előre kiválasztott amniotikus üregbe;
6. Miután meggyőződtek arról, hogy a tű az amniotikus üregben van, negatív nyomással felszívják az amniotikus folyadékot;
7. Az első 2 milliliter folyadékot el kell dobni (az anyai sejtek szennyeződésének megelőzése érdekében);
8. Körülbelül 20 milliliter magzatvizet vesznek ki;
9. A tű belső kanüljét kicserélik;
10. A teljes tűt kihúzzák;
11. A várandós anya hasán lévő szúrás helyére kötést helyeznek. A nőnek 10 percig pihennie kell az amniocentézis helyiségen kívül. Ha nem érez kellemetlenséget, hazamehet, és megvárhatja az eredményeket.