1. Ennen varsinaista amniokenteesiä lääkäri suorittaa ultraäänitutkimuksen sikiön koon, raskausajan, sikiön asennon ja sikiöiden lukumäärän määrittämiseksi. 2. Ultraääniohjauksessa määritetään optimaalinen pistoskohta. 3. Äidin iho desinfioidaan. 4. Äidin vatsalle asetetaan steriili leikkausliina.
5. Ultraääniohjauksessa 20- tai 22-gauge-spinaalaneula työnnetään asteittain ennalta valittuun amniononteloon.
6. Kun neula on varmistettu olevan amnionontelossa, amnionnestettä imetään negatiivisella paineella.
7. Ensimmäiset 2 millilitraa nestettä on hävitettävä (äidin solujen kontaminaation estämiseksi).
8. Amnionnestettä imetään noin 20 millilitraa.
9. Neulan sisäkanyyli vaihdetaan.
10. Koko neula vedetään pois.
11. Äidin vatsan pistoskohtaan laitetaan side. Äidin tulee levätä 10 minuuttia amniokenteesihuoneen ulkopuolella. Jos hänellä ei ole oireita, hän voi palata kotiin odottamaan tuloksia.