1. Před samotnou amniocentézou provede lékař ultrazvukové vyšetření, aby určil velikost plodu, gestační věk, polohu plodu a počet plodů.
2. Pod ultrazvukovou kontrolou se určí optimální místo vpichu.
3. Kůže matky se dezinfikuje.
4. Na břicho matky se položí sterilní rouška.
5. Pod ultrazvukovou kontrolou se do předem vybrané amniové dutiny postupně zavádí spinální jehla o průměru 20 nebo 22;
6. Jakmile je potvrzeno, že je jehla v amniové dutině, odebere se amniová tekutina pomocí podtlaku;
7. Prvních 2 mililitry tekutiny se musí vylít (aby se zabránilo kontaminaci mateřskými buňkami);
8. Odebere se přibližně 20 mililitrů plodové vody.
9. Vnitřní kanyla jehly se vymění.
10. Celá jehla se vytáhne.
11. Na místo vpichu na břiše nastávající matky se aplikuje obvaz. Matka by měla 10 minut odpočívat mimo místnost, kde se provádí amniocentéza. Pokud se neobjeví žádné potíže, může se vrátit domů a čekat na výsledky.