一：牙膏擠取過量可能誘發口腔癌
牙膏中若干有效成分引發擔憂。廣泛使用的化學物質「月桂基硫酸鈉」可能引發腸胃功能障礙與肝毒性，提高口腔潰瘍發生風險，進而增加口腔癌患病機率。此外，牙膏中的研磨劑可能損傷牙齦，提高牙齦受創風險，故應避免過度使用牙膏。
二：含氟牙膏使用不當可能引發氟斑牙症。
目前普遍認同含氟牙膏能有效預防蛀牙，提及口腔護理時多數人首先聯想到含氟牙膏。然而專家指出，含氟牙膏雖能有效預防蛀牙，卻也存在副作用，若使用不當可能引發氟斑牙症。氟化物在防蛀與毒性間的界線極為微妙，過量攝取將導致牙齒出現斑點的氟斑牙症。患者多為兒童，主因在於兒童吞嚥控制能力尚未成熟，刷牙時誤吞含氟牙膏的機會較高，導致氟攝取量增加。由於牙膏包裝通常未標示使用注意事項、適用年齡及用量，常見成人與兒童共用牙膏，甚至出現如電視廣告般在牙刷上擠取大量牙膏的現象。
專家呼籲消費者使用含氟牙膏時，單次用量應控制在1公分內，兒童應避免使用或在家長指導下謹慎使用。同時強調氟屬劇毒物質，人體過量吸收將引發氟中毒。國家規定含氟牙膏中的游離氟含量應維持在400～1200ppm範圍內。特別需注意的是，三歲以下幼兒不應使用含氟牙膏，因其可能吞嚥使用量的1/8至1/4。
三：兒童應避免使用泡沫豐富的牙膏。
兒童應避免使用泡沫過於豐沛的牙膏。牙膏依泡沫量可分為強、中、弱三類，泡沫量取決於皂化成分含量。泡沫豐沛的牙膏因皂化成分較高，易刺激口腔黏膜。
四：早晚使用相同牙膏不利口腔衛生。
口腔專家建議應隨季節與身體狀況更換牙膏，不宜長期使用同一品牌或相同功效產品。歐美先進國家逾80%消費者會區分早晚專用牙膏，定期牙科檢查習慣亦已普及。研究指出，多數口腔問題源於細菌，而人體口腔分泌的唾液本身具殺菌功能。然而日間唾液分泌量為夜間的3至4倍，較易抑制細菌繁殖；睡眠時唾液腺分泌不足，口腔乾燥導致酸性化，使細菌繁殖失控，進而引發各類口腔問題。五：應避免長期使用藥用牙膏。
目前市面流通著針對牙齒敏感、抗發炎護齦、除臭止血等功能的藥用牙膏，加上廣告氾濫，許多人誤將藥用牙膏視為預防口腔疾病的萬靈丹，無論有無牙齒問題皆使用，此舉並不妥當。口腔內細菌可分為致病菌與非致病菌兩類，兩者相互制衡以維持口腔「生態平衡」。
長期使用殺菌力強的藥用牙膏，不僅會使口腔致病菌產生抗藥性，更會在抑制殺滅致病菌的過程中，連帶抑制殺滅口腔正常菌群，破壞口腔「生態平衡」。其結果將誘發新的口腔疾病與感染。此外，部分藥用牙膏含有生物鹼及刺激性物質，長期使用不僅會損傷口腔脆弱黏膜，持續刺激更可能引發牙齦、口腔及舌部發炎，導致牙齦炎、口腔炎、舌炎等病症。過敏性氣喘或咳嗽患者可能因藥用牙膏的刺激性異味誘發氣喘或腸胃不適。此外，部分藥用牙膏含著色劑，長期使用會污染牙齒表面，使齒面失去光澤，影響美觀。
口腔疾病患者最理想的做法是交替使用含氟牙膏與藥用牙膏。例如同時罹患蛀牙與牙周病的中高齡患者，建議早晚分別使用含氟產品與中藥成分產品。對於牙齒對冷熱刺激敏感的患者，則宜同時使用針對象牙質過敏症的酸防護產品與一般含氟產品。