過敏性腸炎是未滿一歲嬰幼兒常見問題，可表現為急性腹瀉或慢性腹瀉。急性腹瀉多發生於開始添加副食品或更換配方奶時，成因多為母乳不足或母親工作導致哺乳困難而需補充配方奶。離乳食物中最常見的誘發物為草莓、番茄、芒果、奇異果、南瓜、哈密瓜及哈密瓜。慢性腹瀉則指經飲食調整後急性症狀未完全緩解，持續出現頻繁排便且糞便不成形或呈水樣狀。
兒童對過敏性腸炎可能呈現多種反應：首先是搔癢感。眼睛搔癢：揉搓眼部、遇風流淚；鼻部搔癢：搔刮鼻部；耳部搔癢：抓撓耳朵、拉扯耳垂；頭皮搔癢：抓搔頭部、將頭部摩擦於父母身體。其次為哭鬧不休。哭鬧是最常見的症狀，若嬰兒伴隨腹絞痛，通常呈規律性哭鬧，每週發作三次以上，每次持續兩至三小時。
急性腹瀉時偶見黏液膿血便，糞便檢查可檢出大量白血球與紅血球。常誤診為細菌性痢疾而接受抗生素治療。全國每日有數百人遭誤診，接受各類抗生素及點滴治療。抗生素使用越早，誘發過敏性疾病的風險越高，亦增加罹患其他過敏性疾病的機會。
痢疾與過敏性腸炎的鑑別要點：
1. 痢疾必然存在感染源（例如成人腹瀉可傳染兒童痢疾）。嬰幼兒飲食以母乳或配方奶為主且單一，因此嬰兒感染痢疾的機會極低。過敏性腸炎的誘發因素則為添加輔食或更換乳製品。
2. 痢疾屬感染性疾病，當腸黏膜感染嚴重時，患兒必然出現發熱、白血球增多等症狀。過敏性腸炎作為過敏性疾病，通常呈現嗜酸性球增多現象。
3. 痢疾由志賀氏菌感染引起，培養檢體可檢出志賀氏菌。糞便塗片檢查亦可觀察到桿菌，但過敏性腸炎患者無法檢出此菌。
4. 痢疾因屬持續性炎症，患兒常訴說「排不盡」的感受，並伴隨明顯哭鬧。反之，過敏性腸炎患兒多於餐後腹瀉，排便前哭鬧，排便後情緒轉佳，鮮少出現持續性哭鬧。
5、屬細菌感染性疾病的痢疾對抗生素反應極佳。反之，過敏性腸炎作為過敏性疾病，若改用無致敏性配方奶粉，通常三日內即可見顯著改善。