部分口臭雖可解決，但並非所有口臭皆能根治。由於口臭成因複雜多元，部分案例難以明確歸因。口臭治療須先釐清根本病因，方能真正實現痊癒。口臭常反映身體異常狀態，可能源於內臟功能損傷、腸胃代謝失調或免疫力低下等因素。另有一小部分案例源於口腔疾病，此類情況治療相對容易。
內臟功能失調型口臭症：
此類口臭的根本成因在於：因腸胃功能紊亂、代謝失調及免疫力下降導致內臟機能失衡，使產生異味化合物的病原微生物難以維持平衡與抑制。當其數量達到臨界值時，將生成高濃度異味化合物並流入血液，隨後經肺部或胃部輸送，最終從口腔或鼻腔排出體外。
治療方法：
透過調節胃腸功能與代謝機能的藥物或保健食品進行治療養生，可有效提升免疫力。國內「排毒養顏膠囊」具一定療效，海外「康盟活膚」對調節體內機能則展現較佳效果。
單純性口腔口臭症：
除明顯口臭外，伴隨口腔內牙齦腫脹疼痛、局部發熱等症狀。此類口臭非內臟疾病所致，主要源於單純齲齒（俗稱蛀牙）或牙周病（牙齦炎・牙周炎）等口腔疾患。單純性口腔口臭症可透過一般口腔藥物或外科處置治癒。現今各地牙科醫療機構皆可提供超音波洗牙服務，透過清除牙菌斑、軟性牙垢及牙結石，能有效改善口臭並預防牙周病。建議民眾依據自身狀況，每半年定期進行一次洗牙療程。