Klinické použitie naznačuje, že vysoké dávky vitamínu B2 vykazujú vyššiu účinnosť ako bežne používané lieky na migrénu, ako je flunarizín hydrochlorid, a to s menej vedľajšími účinkami a nižšími nákladmi. Terapeutický účinok vitamínu B2 môže vyplývať z jeho zvýšenia energetického potenciálu mitochondrií v bunkách. Pri použití vitamínu B2 na prevenciu a liečbu migrény sa ukazuje ako najúčinnejší u pacientov so stredne ťažkou formou, ktorí trpia len niekoľkými záchvatmi za mesiac, pričom optimálne terapeutické výsledky sa zvyčajne dosahujú po troch mesiacoch podávania.Odporúčaná denná dávka vitamínu B2 je zvyčajne okolo 400 miligramov.