A aplicação clínica indica que altas doses de vitamina B2 demonstram eficácia superior ao medicamento comumente usado para enxaqueca, o cloridrato de flunarizina, com menos efeitos colaterais e menor custo. O efeito terapêutico da vitamina B2 pode decorrer do aumento do potencial energético mitocondrial celular. Ao empregar a vitamina B2 para a prevenção e o tratamento da enxaqueca, ela se mostra mais eficaz para pacientes moderados que apresentam apenas alguns ataques por mês, com resultados terapêuticos ideais normalmente alcançados após três meses de administração.A dose diária recomendada de vitamina B2 é geralmente de cerca de 400 miligramas.