Klinické použití ukazuje, že vysoké dávky vitaminu B2 vykazují vyšší účinnost než běžně používaný lék na migrénu flunarizin hydrochlorid, a to s méně vedlejšími účinky a nižšími náklady. Terapeutický účinek vitaminu B2 může vyplývat z jeho zvýšení energetického potenciálu buněčných mitochondrií. Při použití vitaminu B2 k prevenci a léčbě migrény se ukazuje jako nejúčinnější u pacientů se středně těžkými příznaky, kteří trpí pouze několika záchvaty za měsíc, přičemž optimálních výsledků je obvykle dosaženo po třech měsících užívání.Doporučená denní dávka vitaminu B2 je obecně kolem 400 miligramů.