微波爐是最受歡迎的烹調方式，幾乎成為家庭、辦公室、便利商店等場所的必備設備。便利、快速、衛生。然而從健康角度觀之，微波爐仍存在諸多爭議。
微波爐常用的潛在危害
權威醫學期刊《刺胳針》研究指出，微波會改變蛋白質結構，將食物中的左旋脯胺酸（L-Proline）轉化為右旋脯胺酸（R-Proline）。後者已被證實對神經系統、肝臟及腎臟具有毒性。該報告更指出，微波爐會改變食物分子結構，攝入後可能導致人體產生「結構性、功能性及免疫性變化」。
另一項瑞典研究採用對照組設計，將不含脂肪與膽固醇的蔬菜以微波加熱後，受試者血液中高密度脂蛋白（HDL，俗稱「好膽固醇」）濃度下降，低密度脂蛋白（LDL）及極低密度脂蛋白（VLDL，俗稱「壞膽固醇」）則上升。相對地，攝取傳統烹調方式處理食品的對照組則未出現此現象。為何攝取不含脂肪與膽固醇的食品仍會引發此類反應？研究人員解釋，這些脂蛋白的變化反映人體免疫功能受到挑戰，顯示血液已產生微妙變化。
微波爐製造商自然強烈反駁這些研究結果。若家中或辦公室備有微波爐，不妨進行實驗：(1)以自來水、(2)微波加熱後冷卻之水、(3)傳統煮沸後冷卻之熱水分別澆灌植物，可觀察到微波加熱水會顯著抑制植物生長。儘管水分子仍為H2O，但其性質因微波加熱而改變，導致生命力喪失。
微波爐使用注意事項
1. 避免將半熟肉類加熱至半熟狀態後再次微波：半熟食品中的細菌會持續繁殖，二次加熱時間過短將無法徹底殺菌。冷凍肉類請先以微波爐解凍，再進行加熱烹調。
2. 避免將微波解凍的肉類再次冷凍：微波解凍後的肉類表面層處於低溫加熱狀態，此溫度仍利於細菌繁殖。雖可透過再冷凍抑制繁殖，但活菌並未被消滅。若需將微波解凍肉類再次冷凍，必須先徹底加熱烹煮。
3、避免烹調油炸食品：高溫油溫可能濺出引發火災。若庫內發生火災，切勿開啟門扇，應先切斷電源，待火勢熄滅後再開啟門扇進行冷卻。
4、嚴禁超時加熱：若食物於微波解凍或加熱過程中遺忘取出，超過兩小時者應立即丟棄，以防食物中毒。
5、禁止使用一般塑膠容器：請使用專用微波爐適用容器。加熱可能導致容器變形，且一般塑膠可能釋出有害物質污染食物，危害健康。
6、禁止使用金屬容器：鐵、鋁、不鏽鋼、琺瑯等金屬容器放入微波爐後，加熱時會產生火花並反射微波，不僅損壞設備，更導致食物加熱不均。