色素沈着は、吸引範囲が広すぎたり吸引が深すぎたりして皮膚の虚血を引き起こすことで生じ、特に下腿や腹部に好発します。通常、色素沈着は術後半年程度で消退しますが、一部頑固な色素沈着は化学的・物理的治療によってのみ改善可能です。ごく稀に術後に色素脱失が生じるケースがあり、これは対処が難しい問題です。
頑固な形状不整：大量吸引や吸引層・範囲の不均一が原因で生じます。前述の含笑さんの症例がこれに該当します。小範囲の凹凸は自家脂肪移植で修正可能ですが、広範囲の凹凸は二次吸引による調整が必要です。
左右非対称：吸引カテーテルの太さ不一致が主因で、二次吸引による修正のみ可能です。合併症は自己申告ベースで、慢性硬変、慢性疼痛、持続性感覚異常が挙げられる。
慢性硬変：術後早期の炎症に続発する生理機能障害・浮腫・細胞炎症による硬化で、吸引後1年以内に発生しやすい。皮膚循環障害も原因となり、皮膚の光沢喪失・硬結・弾力低下を主症状とする。超音波マッサージや運動療法で改善が見込まれる。
慢性疼痛：手術操作の乱暴さや切開デザインの不合理、皮下瘢痕増殖が原因で生じる。放散痛が主症状で、特に夜間が顕著。発生時は医師の指示のもと、局所ブロック麻酔や瘢痕切除・弛緩術などを併用する。
持続的な感覚異常脂肪吸引後の局所変化は、脂肪吸引と皮膚切除を併用した手術で多く発生し、脂肪吸引過多や吸引層が薄すぎる症例でもまれに見られる。
脂肪吸引術後早期の合併症には、血清腫や筋損傷症候群も含まれる。
血清腫や血腫は主に術後の圧迫不足、圧迫材の剥離、ドレナージ不全によって生じる。発生した場合は再度ドレナージを行い、圧迫包帯を再施す必要がある。
筋損傷症候群は、脂肪吸引により深層筋膜下の筋層（特に下腿）が損傷され、筋線維断裂や出血が生じ、排出困難な出血により筋膜腔内圧が上昇し、神経血管を圧迫することで神経・筋機能障害を引き起こす。これにより激しい疼痛や運動機能制限が現れる。これは往々にして施術経験不足や粗雑な操作が原因であり、発生した場合は直ちに医師の処置を受ける必要がある。
上記の合併症に加え、脂肪吸引では重篤な合併症が発生する可能性もある。文献では出血性ショック、脂肪塞栓症、腹壁穿孔による腸管破裂などによる死亡例が報告されているが、これらは稀である。
以上から明らかなように、脂肪吸引による減量には様々な問題が生じる可能性があり、多くの合併症は施術者によって引き起こされます。しかし、正規の医療機関と優秀な美容外科医であれば、合併症の発生を最小限に抑え、満足のいく脂肪吸引効果を得ることが可能です。したがって、決断する際には慎重に選択することが重要です。